Según la clasificación más usada en la actualidad, el taxón más amplio es el de dominio. Tal como propuso Carl Woese a partir de la secuenciación de ARN, distinguimos tres grandes dominios: Bacteria, Archaea y Eukarya. Los dos primeros corresponderían a organismos procariotas y el último a eucariotas. Sin embargo, la división en grandes grupos más común es la de reino que, según la última actualización de Whittaker y Margulis, podemos dividir en cinco: Monera (bacterias), Protoctista (protozoos y algas), Fungi (hongos), Animalia (animales) y Plantae (plantas).